太平天国首都的陷落，顿使各地的太平军以及与太平军已结为一体的捻军的活动失去重心。但他们仍坚持斗争达4年之久。南方的太平军余部曾以闽西南和粤东为根据地，太平天国的旗帜在闽南重镇漳州飘扬了7个月。南方的余部最后于1866年在粤东失败。长江以北的余部则与捻子一起结成了剽悍的捻军。他们以步骑结合、机动灵活的战略战术，纵横驰骋于黄淮与北方大地，在与清军的作战中曾多次取得胜利，甚至连不可一世的僧格林沁也兵败身死。但在清王朝的全力围剿下，捻军活动区域日渐缩小，加之无后方依托，终在1868年覆败。全国各地各族群众的造反直到1874年才最后平息。
一　长江以南的余部
1864年7月19日天京城破的当晚，幼天王洪天贵福在李秀成的掩护下得以逃脱清军的追击。他在尊王刘庆汉、养王吉庆元等的保卫下，从淳化镇经东坝到安徽广德州，会合干王洪仁玕等，不久又被堵王黄文金迎至浙江湖州。洪仁玕、黄文金等在湖州会议，决定入江西建昌、抚州会合侍王李世贤、康王汪海洋等军，再去湖北会合扶王陈得才等军，“踞荆（州）、襄（阳），以窥长安”。8月下旬，黄文金等自湖州撤退，取道安徽、浙江交界入江西。但李世贤等部已向赣南转移，黄文金不久又病逝，这支部队的军心涣散了。10月上旬，部队终在江西石城县覆没。干王洪仁玕与幼天王等先后被俘。洪仁玕在囚禁中慷慨激昂，在亲书供词中详细叙述了洪秀全敬拜上帝及太平天国自金田起义直到定都南京的历史，对其本人到天京后所参与的重大事件叙述尤详。他并表示愿意效法文天祥，为国尽忠。不久，洪仁玕即在南昌从容就义。