第二阶段，是魏晋隋唐间的少数民族史学，这是中国古代少数民族史学发展的第一个高潮，其特点是多途发展局面的形成。
魏晋南北朝隋唐时期，是中国古代少数民族史学发展的第一个高潮。其发展概况，可以从《隋书·经籍志二》“霸史类”和《新唐书·艺文志二》“伪史类”的著录而得其大体。这时期面世的十三部“正史”中的十一部“正史”，都有少数民族史的专篇；而这十三部“正史”中的《魏书》《周书》本身就是皇朝史与民族史的结合，《北史》则是几个朝代通代的皇朝史和民族史的结合。这给后人留下了丰富的少数民族史学遗产。《华阳国志》作为较早的地方史撰述，反映了西南少数民族史的面貌，弥足珍贵。崔鸿的《十六国春秋》是少数民族史学的重要著作，可惜久已散佚；其所著《十六国春秋纂录》一书，有《汉魏丛书》本，前人疑者有之，信者亦有之，这里依清人汤球之说，信而存之，并可以其与《晋书·载记》做对比性阐述，以揭示这两部少数民族史的面貌和异同。杜佑《通典·边防典》实质上是一部系统的中国古代少数民族史[63]，其所记东夷、南蛮、西戎、北狄各族的分布、族源、历史、风俗以及与中原皇朝的关系，条分缕析，灿然可观；尤为难得的是杜佑的进步的民族观和民族史观，这反映了他所处时代的最先进的民族思想。晚唐面世的《蛮书》（亦称《云南记》）是一部反映西南地区少数民族史的专书，包含有丰富的民族史内容，也展示出一部民族史应有的规模。这期间还有一些有关少数民族史学的一些重要事件，如北魏崔浩国史案，北魏宗室元晖主持撰集《科录》，隋朝魏澹著《魏书》、裴矩著《西域图记》，唐初李延寿所著《北史》的少数民族史特色，盛唐时期张大素、元行冲先后撰成的《后魏书》和《魏典》等，说明魏晋隋唐间的北朝史或北朝史所具有的少数民族史学特征，始终受到史学家和政治家的重视。尤其值得注意的是，藏族史学此时已开始产生，汉文典籍《史记》《尚书》《战国策》《礼记》《左传》《毛诗》《文选》等相继传入吐蕃，有的已有藏文译本，所有这些，对藏族史学的产生和发展产生了深远影响[64]。