咸丰朝，曾国藩不但没有受到牵连，反而受到重用。因为他和扳倒穆彰阿的肃顺又搭上了关系。肃顺是咸丰最信任的大臣，一时间炙手可热。而不久之后，曾国藩回乡办团练，更要借助这位皇帝的心腹的力量了。但是奇怪的是，直到今天，人们仍然找不到曾国藩和肃顺直接交往的证据。
曾国藩没有和肃顺直接交往，并不说明和肃顺没有任何关系。从处理左宗棠一件事来说，就可以推测出二人有着心照不宣的默契。
肃顺是满洲贵族中少有的开明人士，在他的倡导下，汉人开始得到重用，曾国藩才逐渐成为晚清政治舞台的主角。肃顺也喜欢和汉人文人交往，王闽运和郭嵩焘都是他非常赏识的人，也是他的心腹幕僚。而这两个人都是湘军系统的成员，与曾国藩更有非同一般的关系。
曾国藩之所以被任命为权大势重的两江总督，也是肃顺起的作用。在咸丰朝以前，两江总督例由满洲贵族担任，但是咸丰朝以后，基本上是由汉人担任，这与肃顺重用汉人的思想是分不开的。两江总督何桂清兵败被治罪，这个最重要的职位很多人都眼热。湖广总督官文更是视为囊中之物。就连胡林翼也认为，非官文莫属。早在道光末年就与曾国藩成为至交的莫友芝和其他一些官员商议，认为只有曾国藩才能胜任。高心夔此时在肃顺家中，就把这个建议告诉了肃顺。肃顺第二天向咸丰提议，四月，曾国藩就被任命为署理两江总督。六月，实授为两江总督，并且加钦差大臣衔。