由于对革命失败的原因和当下形势看法的不同，革命党人内部实际形成了两派，分别以孙中山和黄兴为首，在实行什么样的革命战略与策略方面，两派各有不同的认识和做法。孙中山“继续持积极主义，统率新旧同志，爰谋第三次进行，务以武力削彼暴政”，为此他主张重新组党，继续发动武力革命。黄兴则主张从根本入手，整理党的队伍，光大党的主义，团结各方力量，立定长远规划，培养造就人才，徐图扩充发展。孙、黄的反袁革命目标其实并无二致，唯因对形势的认识不同，而致看法有别，但双方未能力谋沟通，孙中山且批评黄兴“不维始终之义，遂作中道之弃”；“若公以徘徊为知机，以观望为识时，以缓进为稳健，以万全为商榷，则文虽至愚，不知其可”。再加上各自支持者的互相争论以至攻击，双方的裂痕不断扩大，终在组织上亦分道扬镳。
二次革命失败后的孙中山认为国民党已经失去革命性，组织涣散，各行其是，不能担当领导今后革命的重任，因此坚持重新组党。他将新党命名为中华革命党，拟其入党誓约为：为救中国危亡，拯民生困苦，愿牺牲一己之身命、自由、权利，附从孙先生，再举革命，务达民权、民生两目的，并创制五权宪法，使政治修明，民生乐利，措国基于巩固，维世界之和平，特诚谨矢誓：（1）实行宗旨；（2）服从命令；（3）尽忠职务；（4）严守秘密；（5）誓共生死。从兹永守此约，至死不渝。如有二心，甘受极刑。而且入党者必须有人介绍，立约宣誓，并按指纹为证。此项誓约虽然延续了孙中山一贯的三民主义革命主张，但其主旨在“党魁特权，统一一切，党员各就其职务能力，服从命令”。孙中山自信自己是革命领袖，有坚定的理想和信念，并将二次革命的失败教训归结为缺乏对领袖的服从，因此在组建中华革命党时，表示“欲为真党魁，不欲为假党魁，庶几事权统一”，特别强调党员“必自问甘愿服从文一人，毫无疑虑而后可”，并认此与“专制政体，实截然两事，不可同日而语”。但这种做法表现出自同盟会资产阶级民主组织原则的后退，以及向中国传统封建组织原则的复归，是其组党过程中最为人所诟病之处。也正因为如此，中华革命党在一些原来的革命党人心目中，失去了当年的理想主义色彩与民主精神，“近于专制”，“丧失自由”，使他们不愿加入其中。尽管他们对中华革命党本质和孙中山良苦用心的理解不无偏颇之处，但孙中山强调中华革命党对其个人服从的做法，确实是妨碍其扩大组织并发挥作用的重用因素之一。