最后，还有一个药物纯度与污染的问题，这在中药材中尤为突出。就药物纯度而言，有的药农为了逃避国家税收，还没到药材采集期就进行采收。比如，麻黄在10月份生物碱的含量最高，应在此时采收，但药农为逃避国家税收，9月就开始采收，导致药材太青，生物碱含量太低，形成劣品。甘草应在春季采收，而药农往往在夏、秋季收，导致质量明显下降。再比如薄荷应在花期采收，因为此时挥发油含量高，而有些药农偏在果实即将成熟时采收，原因是此时产量高。金银花应是分期采集花蕾，但有人却不分期采，而是将花蕾和刚开放的花及开放多时已变黄色的花一同采收。同时，由于大量化肥农药的使用，一方面使药材产生大量淀粉，如柴胡根直径粗达5～10厘米，这在以前是不可思议的；另一方面也使得药物毒性增大。这都大大影响了药材质量。对病人而言，由于无法分辨真假药材，若不遵医嘱自行服用极易发生药物中毒事件。
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