在审判汉奸的过程中，如何处理南京伪政府的第三号人物、行政院副院长周佛海和社会部部长丁默邨，成为社会关注的焦点。日本投降后，为了顺利接收对国民党至关重要的南京、上海地区，军统负责人戴笠曾致函周佛海，令其“联络各方共同负责，而由兄主其事务。请兄于此紧急艰巨之时期，于任务能秉承领袖之意旨，鼎力以支持之也。”周佛海随后出任上海行动总队总指挥，为国民党顺利接收上海立下了汗马功劳。戴笠曾称赞周佛海：“伪府数十万伪军之向背，与东南财富及通都大邑之掌握，不费一枪一弹，而能顺利接管，关系大局极巨。”因此，就在各级大小汉奸受审之时，周佛海等仍被戴笠安置在重庆而无事，引起舆论的强烈批评。迫于舆论的压力，周佛海和丁默邨被先后起诉。1946年11月7日，首都高等法院以周佛海“纵树微功，难掩巨过；偶施小惠，莫蔽大辜。权衡轻重，量刑未便从宽”，判处其死刑。1947年1月20日，最高法院复判仍为死刑。还在周佛海被审期间，即不断有各方面党政要员为其说项，甚至陆军总司令部和国民党中央组织部亦向法院专函说明周之“功绩”，请求从宽处理。周佛海被判死刑后，陈果夫和陈立夫兄弟亲笔致函蒋介石，称周“在京沪杭一带暗中布置军事颇为周密，胜利后使江浙两省不致尽陷于共党之手，国府得以顺利还都，运兵至华北各地，不无微功”。蒋批示“该犯似可免于一死”。2月26日，国民政府以周佛海“既在敌寇投降前后能确保沪杭一带秩序，使人民不致遭受涂炭，对社会之安全，究属不无贡献”，下令将其原判之死刑减为无期徒刑。1948年2月28日，周佛海病死于南京狱中。1947年2月8日，丁默邨亦被判处死刑，虽也有各方为其说项，但5月1日最高法院复判其“虽不无微功，究不能掩其罪恶之万一，因此不予轻减”。7月5日，丁默邨被执行死刑。