皇甫嵩在八月到达东郡，大破黄巾军，斩杀七千多人。这时，张角占据广宗，控制河北腹地，卢植为宦官所诬，被召回，而董卓进攻张角不利，汉灵帝便让皇甫嵩继续北上。在这紧要关头，张角病死。张梁继任首领，皇甫嵩进攻广宗，没能得手。第二天，皇甫嵩闭营与士兵休息，同时派人观察敌军举动，黄巾军于是放松警惕，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时分突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，逃走到河堤时溺死的有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被“破棺戮尸，传首京师”。十一月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人，黄巾之乱平息。
战事虽被平息，但这对汉室威信是一次严重的打击。然而，汉灵帝完全没有接受教训，照样享乐、卖官。于是各地因此不断发生小型叛乱，如黑山、白波、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒等，势力小的有数千人，势力大的甚至有百万人，如张燕的黑山贼。
公元188年，黄巾军又进行了一次较大的起义，太原郡、河东郡、汝南郡几乎全部失陷，青州、徐州的黄巾军也死灰复燃。为了镇压平乱，汉灵帝接受太常刘焉的建议，把部分刺史改为州牧，由宗室或重臣担任，拥有地方军、政之权，以便加强地方政权的实力，更易控制地方，有效进剿黄巾余部。这一次权力的下放，助长地方军阀拥兵自重，互相攻击，逐鹿中原，甚至东汉皇帝也成了军阀手中的玩物。所以黄巾民变是促使东汉灭亡的导火线，也是三国时代的序幕。