军机处
军机处是清朝自雍正开始设置的中枢决策机构。为了当时用兵西北的军事需要，以达到办事密速的效果，雍正帝设立了军机处。一开始仅是临时性机构，但因为它便于皇帝对国家政务的独裁，后来发展成总揽军政大权的中枢决策机构，实权远远超过内阁。它的设置彻底清除了宰相制度的残余和影响。军机处不设下属机构，权力虽大，但并不同于宰相，而类似皇帝的秘书班子。军机处是我国古代中央集权达到顶峰的标志。
改土归流
改土归流是明清时对以西南少数民族地区为主之地方行政制度的改革。即废除自元代以来世袭之土官，而代之以流官的统治。这种改革主要在滇、黔、桂、川、湘、鄂六省积极推行。改汉之后，政府收缴土司印信，设府、厅、州、县，委派有任期的官员进行统治，实施和汉族地区相同的政治制度，加强了中央对少数民族的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展，对中国多民族国家的统一和经济文化的发展有积极意义。但在实行过程中曾对某些地区进行军事镇压，给若干地区的少数民族带来灾难。
金瓶掣签
乾隆五十七年（1792），清廷为防止蒙藏贵族操纵大活佛转世，设立了“金瓶挚签”制度，特颁发两金瓶，一储北京雍和宫，一储拉萨大昭寺。凡蒙藏大活佛如章嘉、哲布尊丹巴、达赖、班禅等转世时，均须将所觅若干个“灵童”的名字署于象牙签上，置签于瓶中，分别在雍正宫、大昭寺，由理藩院尚书或驻藏大臣督掣定，此后遂成定制。这一制度的建立标志着驻藏大臣权力的进一步提高，加强了清政府对蒙藏地区的统治。