随后，玄烨便召来了议政王和大臣，命令他们立即审讯鳌拜。议政王和大臣们平日都十分痛恨鳌拜的专横，看到鳌拜终于被制服，心里甭提多高兴了。很快，他们就列举了鳌拜欺君罔上、独揽大权等30条罪行，并一致要求将他处以死刑。鳌拜一听说要将他处死，也顾不上什么君臣之礼，在朝堂上脱下上衣，坦露出自己身上的伤疤，大声喊道：“这都是老臣跟随先皇打仗留下的呀！”玄烨想到他的确曾经为朝廷立过不少汗马功劳，点点头说：“念你效力年久，军功显著，免死。”于是，鳌拜被判终身监禁。紧接着，玄烨又下令将他的那些死党们一网打尽，处死的处死，判刑的判刑，没有一个人幸存下来。
就这样，16岁的玄烨利用自己的聪明才智，成功擒拿住了权倾朝野的元老级人物鳌拜，扫除了他自己掌握朝政的一个大障碍，也为朝中大臣除去了一股恶势力。从此，玄烨精力充沛地全力治理国家，开始了他杰出的政治生涯。
运筹帷幄，平定三藩
清朝初年，由于清朝统治者的力量有所欠缺。为了能够直接控制南方各省，玄烨下令将那些汉人降将有功者分封管理在一些南方省份：吴三桂被封为平西王，镇守云南兼辖贵州；尚可喜被封为平南王，镇守广东；耿仲明被封为靖南王，他去世后又将其子耿继茂袭封，镇守福建，上述三方势力合称为“三藩”。当时，“三藩”在所镇守的省份权力相当的大，远远超过当地那些地方官员，因为他们不仅可以掌控当地军队，还可以掌控税赋等。