关于史注和史书辑佚。清代后期的史注，成就突出的是王先谦的《汉书补注》。自南朝至隋唐之际，治《汉书》成为专门之学，称为“《汉书》学”。唐初颜师古承家学影响，作《汉书注》，从文献学上总结了唐初以前人们研究《汉书》的成果，是史注中的佳品。自宋迄清，研究《汉书》的成果代有所出，但总的来看，尚未有取代颜注者。王先谦博采宋、元、明、清诸家之说，尤重清人考辨成果，在颜注的基础上作成此书。王注搜罗繁富，于制度、地理的考订尤见功力，可与颜注相媲美，并行而参用。王先谦是著名的历史文献学家，他还有《后汉书集解》、《合校水经注》、《日本源流考》等述作，又曾编印《十一朝东华录》、《皇清经解续编》等书。这时期的史注比较重要的还有李文田的《元朝秘史注》15卷，这是关于《蒙古秘史》的注本。作者参据正史，搜罗宋、金、元三朝有关史乘笔记，吸收本朝学人撰述成果，凡六七十种，注成此书。在考订史实、疏通史文方面，对原书多有功绩，对清人的蒙古史、元史研究多有裨益。还有沈曾植的《元秘史补注》15卷，李注详于地理，而此书则详于史事和音读，以及人名、地名的考证。这两部史注，是清代学者关于蒙古史、元史研究和著述的一部分，它们从一个方面反映了清人对于这个领域的重视。这时期的史书辑佚，以汤球用力颇多，所得甚丰。魏晋南北朝时期，关于东汉史、三国史、晋史的著作各有多种，故《隋书·经籍志》有“一代之史，至数十家”之叹。裴松之《三国志注》保存了丰富的三国史撰述成果；唐、宋以后，诸家东汉史、晋史，除范晔《后汉书》、司马彪《续汉书志》和唐修《晋书》外，都已散佚。清代前期，汪文台辑成《七家后汉书》，约略可见当时撰述的风貌。汤球的史书辑佚，乃集中于诸家晋史的佚文零简。辑有王隐、虞预、朱凤、何法盛、谢灵运、臧荣绪、萧子云、萧子显、沈约九家《晋书》，以及陆机、干宝、曹嘉之等九家编年体史，还辑有习凿齿《晋阳秋》、杜建业《晋阳秋》、萧方等《三十国春秋》、崔鸿《十六国春秋》等，这对于后人认识两晋、十六国时期的历史面貌和两晋至南北朝时期的史学面貌，有很大帮助。此外，他还辑有刘珍等《东观汉记》、皇甫谧《帝王世纪》、谯周《古史考》等书。《清史稿·汤球传》说他“少耽经史，从（俞）正燮、（汪）文台游，传其考据之学”。他的史书辑佚工作，在中国史学上应占有重要的位置。