再次，实学思潮的涌起，推进了改革事业的发展。
明代中后期，一些思想家、政治家在批判程朱理学空谈性理的同时，积极提倡讲求有益于人生、有益于社会的实学。这股实学思潮，不仅促使许多科学家深入到民间，进行调查、访问、观察、试验，写出一批科学巨著，做出许多发明创造，而且还推动一批有作为的政治家和学者，投身于各种改革事业，在嘉靖、万历年间掀起了一次改革高潮。如海瑞认为“圣门之学在知行，德行属行，讲学属知……知行非有二道也”，“体用原无二道，明经体也，以之商榷业务，必有道矣”，主张“平日读书”应“体认道理明白，立心行己”。他批评当时的士子“一生读书作文，于家国身心毫无补益，谓之何哉”[76]。嘉、隆年间，他在淳安知县、应天巡抚任上大力推行改革，整顿吏治，摧抑兼并，实行节俭，改革赋役，取得了很大成就。隆庆年间的大学士张居正，主张“笃行实学”，“适用于世”[77]，要求“扫无力之虚词，求躬行之实效”[78]。他针对嘉靖以来的种种弊政，上《陈六事疏》，建议省议论、振纪纲、重诏令、核名实、固邦本、饬武备，以期综核名实，扫空务实。明神宗继位后，他出任首辅，大权在握，当国达10年之久。在多年的政治生涯中，张居正推行一系列重大改革，整顿军队，巩固边防，行考成法，振兴纲纪，举贤任能，裁革冗员，清丈地亩，行一条鞭法，终于使摇摇欲坠的明王朝获得了短暂的复苏与繁荣，从而转危为安。后来随着社会矛盾的日益发展，讲究实学的一些政治家如东林党人、复社成员，都曾针对现实的种种弊端，力图倡导改革，许多人还为此献出了宝贵的生命。有些讲究实学的军事家，则大力推行军事改革。如戚继光，“中年以后，颇知于切实处用力”[79]，强调“兵事须求实际”[80]。在东海沿海指挥抗倭斗争时，他整顿卫所，清理屯田，招募新兵，强化训练，并根据敌情、我情与江南的地形，创立鸳鸯阵和一头两翼一尾阵。他率领这支新军，采用新的阵法，与俞大猷等军队相配合，终于荡平沿海的倭寇。调任总理蓟昌保定练兵事务后，又根据敌情和北方地形，修长城，建敌台，摆边设防，并练精兵，创车阵，以重兵堵截敌骑，从而取得了“不战而屈人之兵”的良好效果。他还总结自己练兵和对敌作战的经验，奋笔挥毫写下《纪效新书》、《练兵纪实》两部不朽的军事著作，成为我国军事史上首屈一指的在理论和实践方面均有重大贡献的杰出军事家。还有些倡导实学的学者，则进行史学改革。如谈迁针对“国史之失职，未有甚于我朝”[81]和“史日益以偷”，“史至明，遂以秘而酿隘”[82]的状况，花费三十多年的工夫，广泛搜集列朝实录、崇祯邸抄和百余种私家著述，四处调查访问，写出一部明史巨著《国榷》。他发扬中国史学秉笔直书的优良传统，绝不盲从那些人云亦云的“饰说”，而是根据自己调查访问所得的材料据实直书。书成于明亡后的清顺治年间，仍不避清朝统治者的忌讳，如实记述建州各卫设置的时间、各卫首领的承袭情况，清军入关肆行烧杀掠夺的罪行以及广大汉族人民奋勇抵抗的英雄事迹。