周作人在北平被关押了约半年，1946年5月26日被押解到南京。6月17日，国民党政府首都高等法院检察官以汉奸罪对周作人提起公诉，周作人从此站到了被告席上。
11月16日，首都高等法院以“共同通谋敌国、图谋反抗本国”罪、判处周作人有期徒刑14年，褫夺公民权10年。
判决书在认定周作人犯罪事实和判决理由后指出：
“被告在各大学执教历有数年，国人受其熏陶者不知凡几；又有相当学识，过去著作不少，国人对其景慕者亦不知凡几。居领导民众之位，负最高学府教育之重任，宜存大无畏之精神，坚持到底，保全名节，以扶民族之正气。及意薄弱，一经遇刺，即变节附逆，只图个人偷生苟安，不顾国家民族利益，不能不负刑事上之责任。综合各种情状，应予减处有期徒刑14年，并褫夺公民权10年，以维法纪而昭平允。”
