想通了这一点，南征也有了底。显然，军事平叛是必要的，又是远远不够的。通过武力使人服从之外，还要通过施德、怀柔远方，争取当地的人心，军事斗争和政治斗争要结合进行，相互为用。这是一场特殊的战争。打好这一仗，必须对战争有深刻的理解，有高明的指挥，没有悟性很高的战略头脑和必要的权力，是指挥不好南征的。
诸葛亮环顾众将，威望、才能都不如自己，难以当此重任，但是长史是丞相主要助手，王连言辞又极为恳切，亲征的事便暂时搁置下来。不久王连病重无法劝阻，诸葛亮便在建兴三年三月亲自南征。大军分作三路，丞相亲率主力西路军，从成都出发，沿江下到道，沿马湖江（今金沙江）经安上（今四川屏山西）上溯，袭击越；令门下督马忠率偏师为东路军，从道进趋；令降都督李恢率偏师为中路军，自驻地平夷（今贵州毕节）向雍老巢益州郡推进。
诸葛亮采纳了马谡建议，把“攻心为上”等几句话制成丞相教令，晓喻全军。
这时战争双方的情况是：南征军强大，有统一指挥和丰富作战经验，占据优势；但反蜀地域广大、分散，地形、气候复杂，交通闭塞，因此机动困难，联络不便，平叛费时。三郡反蜀分子在当地历代经营，根深蒂固，占有地利，其势力不易轻易根除；但兵力弱小，不相统属，靠欺骗和宗教裹胁众人，有利于南征军各个击破和以攻心进行瓦解。