但东夏的存在毕竟只是昙花一现。蒙古灭西夏后，金国也无力继续抵御。窝阔台汗为一劳永逸解决东北战事，特命皇子贵由为帅，率军东征，破城俘虏了蒲鲜万奴。
东真国并没有因为蒲鲜万奴的败亡而完全消失。蒙古人征服东真国后，为了怀柔东夏余众，选择在形式上保存了东夏的国号和王室，并保留各级统治机构和一定数量的军队，然而却必须负责“纳质、助军、输粮、设驿、编户籍、置长官”的内藩义务，处于一种半独立状态。
蒙哥汗暴毙后，忽必烈和阿里不哥之间爆发了严重的冲突。忽必烈为了巩固自己的统治地位，开始积极推广汉法以加强中央集权。在中原腹地，忽必烈逐步开始限制、打击汉人世侯的权力，在东北则对东夏进行撤藩，宣布将辽河以东、东夏原领的广大土地和人户划入开元路治下。后又从中分出“水达达路”。所谓“水达达”，是泛指生活在松花江下游和黑龙江中下游滨水而居、以渔猎为主的诸民族，东真国治下的女真人无疑是这类族群的代表。
蒲鲜万奴败亡后，东真国余众仍然活跃在当地附近。由于高丽对蒙古时叛时附，因此蒙古汗国也多次发动了针对高丽的军事行动。在这一阶段，东夏也一改先前和高丽和睦相处的政策，反而连年侵扰高丽北境。
