以下我们考察北京大学组织机构和权限划分状态，了解北大内部的权力分配状况（见图4.2）。当时，评议会是全校最高立法机构和权力机构，由校长、各科学长和教授代表组成。评议会负责制定和修改学校的各项章程法令、决定学科的废立、审核教师的学衔和学生成绩、提出经费预算决算。行政会议是全校最高行政和执行机构，由教务长、总务长和各专门委员会的委员长组成，成员以教授为限，校长兼任行政会议议长。行政会议下设11个专门委员会，各种专门委员会就分管事务提出规划或方案。在各科系设教授会，负责计划本系的教学工作，负责讨论、议决学科增设与废止、教科书选择、应用书籍及仪器添置等。教务处、总务处与各系有业务指导关系，不是上下级关系。教务长、总务长、系主任都直接对校长负责。后来北京大学又增设校长秘书室，作为整个大学组织的横向协调部门，加强大学组织整合。需要强调的是，北大的立法机构评议会和执行机构行政会议的成员都必须是教授，权力分布倾向于学术权威，教授、讲师等学术人员的权力得到组织机构的保障，学术权力在学校事务中发挥重要作用；除此之外，教授会充分负责教学工作，对于课程设置、教科书选择、教授法的改良、学生成绩考核等学术事务，教授拥有绝对的权力，相比于清末时期的大学，学术权力在这一时期得到空前尊重和发展。[4]同时，北大的组织机构设置，也充分体现了蔡元培教授治校、民主管理的办学理念。